BHTGVN là tổ chức tài chính Nhà nước, hoạt động theo mô hình Công ty trách nhiệm hữu hạn một thành viên do Nhà nước nắm giữ 100% vốn điều lệ.
Ngân hàng Nhà nước thực hiện các quyền, nghĩa vụ của cơ quan đại diện chủ sở hữu đối với BHTGVN theo quy định tại Luật BHTG, Nghị định số 68/2013/NĐ-CP ngày 28/6/2013 quy định chi tiết và hướng dẫn thi hành Luật BHTG và các quy định pháp luật về quyền và nghĩa vụ của đại diện chủ sở hữu Nhà nước đối với Công ty trách nhiệm hữu hạn một thành viên do Nhà nước nắm giữ 100% vốn điều lệ.
Điều 2, Quyết định số 1394/QĐ-TTg ban hành ngày 13/8/2013 của Thủ tướng Chính phủ quy định chức năng của BHTGVN như sau:
BHTGVN là tổ chức tài chính nhà nước hoạt động không vì mục tiêu lợi nhuận, nhằm bảo vệ quyền và lợi ích hợp pháp của người gửi tiền, thực hiện chính sách BHTG, góp phần duy trì sự ổn định của hệ thống các BHTGVN, bảo đảm sự phát triển an toàn, lành mạnh của hoạt động ngân hàng.