Cơ cấu tổ chức của BHTGVN được thực hiện theo các văn bản: Quyết định số 3090/QĐ-NHNN ngày 31/12/2013 của Thống đốc NHNN Việt Nam; Quyết định số 290/QĐ-BHTG ngày 19/09/2016 của Hội đồng quản trị BHTGVN về việc sửa tên Chi nhánh BHTGVN tại Hà Nội và thành lập thêm 02 Chi nhánh BHTGVN; Quyết định số 289/QĐ-BHTG ngày 19/05/2016 của Hội đồng quản trị BHTGVN về việc thành lập thêm 02 phòng ban tại Trụ sở chính BHTGVN.
Tính đến 30 tháng 6 năm 2020, cơ cấu tổ chức của BHTGVN gồm có Hội đồng quản trị (tối đa 07 thành viên); Ban điều hành gồm Tổng Giám đốc và các Phó Tổng Giám đốc (tối đa 06 Phó Tổng Giám đốc); Kiểm soát viên (tối đa 3 thành viên); 17 phòng, ban tại trụ sở chính và 08 chi nhánh tại các khu vực trọng điểm trên cả nước.