Tại mỗi quốc gia, chính sách BHTG được xây dựng nhằm hướng đến một hoặc nhiều mục tiêu khác nhau tùy thuộc vào các điều kiện cụ thể trong mỗi thời kỳ. Tuy vậy, có thể phân chia mục tiêu của chính sách BHTG thành 3 nhóm chính gồm:
Thứ nhất: Bảo vệ người gửi tiền, đối tượng có những hạn chế nhất định trong việc tiếp cận thông tin về điều hành và tình hình hoạt động của các tổ chức nhận tiền gửi.
Thứ hai: Góp phần ổn định hệ thống các TCTD. Chính sách BHTG được sử dụng với mục đích tăng cường niềm tin công chúng, góp phần giảm thiểu đột biến rút tiền gửi, góp phần tạo cơ chế chính thức để xử lý các tổ chức nhận tiền gửi gặp sự cố và tham gia quá trình xử lý khủng hoảng tài chính.
Thứ ba: Các mục tiêu khác như góp phần xây dựng một thị trường có tính cạnh tranh và bình đẳng cho các tổ chức nhận tiền gửi có quy mô và trình độ phát triển khác nhau; giúp tạo điều kiện quy định rõ trách nhiệm và quyền lợi của người gửi tiền, tổ chức nhận tiền gửi, chính phủ; giảm chi phí xử lý đổ vỡ ngân hàng và giảm thiểu gánh nặng tài chính cho người đóng thuế trong trường hợp có ngân hàng đổ vỡ.
Trong đó, mục tiêu thứ nhất và thứ hai là hai mục tiêu cốt lõi của chính sách BHTG. Các mục tiêu bổ sung trong nhóm thứ 3 (nếu có) không được mâu thuẫn hoặc làm suy yếu hai mục tiêu cốt lõi nêu trên.